微生物的生存及正常繁殖對(duì)土壤的溫濕度、營養(yǎng)及環(huán)境pH 值等都有要求， 在微生物肥料施用過程中應(yīng)注意以下幾點(diǎn)。
1.識(shí)別是否登記。未獲得國家登記證的微生物肥料質(zhì)量沒有保證，建議不要使用?？赡芷溆行Ь鷶?shù)、水分、雜菌率等指標(biāo)達(dá)不到技術(shù)要求，特別是重金屬含量等存在超標(biāo)風(fēng)險(xiǎn)。獲得國家登記的微生物肥料產(chǎn)品都有一個(gè)惟一的登記證號(hào)，臨時(shí)登記證有效期1 年，登記證號(hào)為“微生物肥（2017）臨字（0123）號(hào)”；正式登記證有效期5 年，登記證號(hào)為“微生物肥（2015）準(zhǔn)字（0987）號(hào)”。第1 個(gè)括號(hào)內(nèi)的4 位數(shù)為登記年號(hào)，第2 個(gè)括號(hào)內(nèi)的4 位數(shù)是證號(hào)。
2.查看肥料有效期。目前我國對(duì)微生物肥料的有效期要求是不低于6 個(gè)月（液體為3 個(gè)月），而多數(shù)微生物肥料中的有效菌存活時(shí)間不超過1 年， 所以購買時(shí)一定要查看微生物肥料的生產(chǎn)日期， 不買過期產(chǎn)品， 并要盡快使用；若存放時(shí)間過長，其菌種休眠狀態(tài)可能被破壞，部分有效菌死亡導(dǎo)致效果變差，甚至沒有效果。
3.注意土壤環(huán)境條件。不同微生物對(duì)溫度的要求不一樣， 一般低于5℃微生物不活動(dòng)，而高于45℃則會(huì)死亡。微生物肥料的最佳應(yīng)用溫度為25~37℃， 土壤的含水量要求在60%左右，因此高溫、低溫、干旱條件下的農(nóng)作物田塊不宜施用。多數(shù)微生物適宜中性土壤環(huán)境，過酸過堿的土壤施用微生物肥料效果較差，酸性土壤可配合（最好不直接混合）施用石灰、草木灰或奧力硅、最鎂等堿性肥料，而堿性土壤則可配合施用石膏、硫酸亞鐵等，以增強(qiáng)微生物的活性。
4.提供充足的營養(yǎng)。微生物肥料要配合有機(jī)肥施用，特別是農(nóng)用微生物菌劑要依靠有機(jī)質(zhì)分解為微生物提供能源和必要的養(yǎng)分。同時(shí)，最好適量補(bǔ)充氮、磷、鉀及微量元素肥料。例如豆科作物生長早期，必須供應(yīng)適量的氮素，促進(jìn)作物生長和根瘤的發(fā)育，才能有效提高固氮量； 鉬是根瘤菌合成固氮酶必不可少的元素，鉬肥與根瘤菌肥配合施用，可明顯提高固氮效率；施磷肥可以發(fā)揮“以磷增氮”的作用；為微生物提供適量的鉀、鈣營養(yǎng)，有利于其大量繁殖。5.避免陽光直射。施用微生物肥料時(shí)，要避免長時(shí)間在陽光下暴曬，以免紫外線殺滅部分微生物，施入土壤中后應(yīng)立即覆土。
6.不與化肥、農(nóng)藥直接混合。由于殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥（如硫酸鉀等）、高濃度復(fù)合肥以及稻草灰等容易殺死肥料中的微生物， 因此不要將微生物肥料與這些藥、肥直接混合施用。特別是在防治根莖部病害時(shí)，使用多菌靈、噁霉靈、硫酸銅等藥劑灌根會(huì)殺滅肥料中的微生物，所以建議使用微生物肥料后不要再用農(nóng)藥灌根的方法防治作物病蟲害。
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